1949年之后历经政治运动，竺可桢还保留着自由主义思想。1956年，他在怀仁堂听了陆定一作《百花齐放，百家争鸣》报告后，曾与一位党内老干部说：“我看蔡元培主持北大时，学术自由比现在还自由一些，那时他提倡科学自由，因此既让李大钊自由发表他的意见”，“可是我们现在并不让胡适、胡风这类人进行自由争论。”（manbetx3.0 科学院院史资料室《讨论陆定一同志“百花齐放，百家争鸣”的报告》）
1957年夏，很多正直的知识分子被“引蛇出洞”，积极响应上级的号召，向党提出批评建议，随即被秋后算账，打成“右派”，受到政治迫害。竺可桢积极响应反右，但有底线，只批判观点，不搞人身攻击。
9月23日，在中科院各党派反右大会上，他作了长达15分钟、题为《谁说党不能领导科学？》的批判发言，开篇就说：“右派分子所提出的‘今不如昔’、‘外行不能领导内行’、‘党不能领导科学’等等谬论，经过近三个月来各方面的辩论和批驳，已经彻底破产了” ，最后才点名右派分子袁翰青、杨肇燫。
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