转移支付有很多是是非非。一方面，中央政府将大量收入作为转移支付资金发放给地方政府。另一方面，转移支付的争议很大，甚至有大量的资金使用方批评中央政府过度集权导致地方一些乱象。在笔者数年前的调研中，福建一位县委书记就直言不讳的说，“我要是酱油，你给的是盐巴”。虽然这资金可以凑合着用，现实中造成很多浪费（他当时指是一项教育转移支付要求用于改善学校的基础设施建设，而该县的学校基础设施建设相当成熟，他们需要的是更多优秀的教师）。
《manbetx3.0 农民调查》一书认为，分税制改革造成了地方财政上的虚弱，因此，许多地方公共开支都摊派到农民头上，这与农民、农村问题密切相关。而分税制主推者朱镕基2011年到清华大学参加百年校庆时对一些负面说法进行反驳。他认为，中央财政收入虽然多，但实际留在中央政府层面不足两成（而分税制前此比例更高一些）。因此，大部分钱只不过经过中央政府之手，最终返还给地方政府了。因此，责怪1994年分税制是没有根据的。不过，他同时承认，分税制中“返还支付的方式”是有缺陷的。
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